2007年沈陽藥科大學計劃招收碩士研究生550名。對于英語類考生，沈陽藥科大學只要求有國家教育部頒發的本科畢業證；但對日語類考生，學校要求考生的英語過四級，成績超過425分。
沈陽藥科大學的藥劑學科是國家級重點學科，藥物化學、藥物分析學科為省級重點學科。2006年沈陽藥科大學的研究生招生中，藥事管理專業相對報名人數少，沒有招滿學生，而藥劑和藥物化學專業屬于競爭相對激烈的專業。沈陽大學過去幾年的公費生比例大多在40％左右，2007年的情況還要看國家的政策。
沈陽藥科大學研究生招生的所有專業不收色盲、色弱、化學試劑過敏、嗅覺功能障礙及乙肝表面抗原陽性者。
同等學力考生在報考沈陽藥科大學時除了要參加統一規定的本學科考試外，在復試中還需在無機化學、有機化學、分析化學、生物化學、物理化學、生理學、生藥學、藥用植物學八門本科主干課程中選取兩門進行加試，且加試科目不得與考生初試科目和復試科目相同。