上海中醫藥大學社會科學部現設有部主任與教學行政辦公室、文化素質教學中心和五個教研室，分別是哲學教研室、中國近現代史論教研室、法律教研室、公共事業管理教研室、醫學倫理學教研室。
社會科學部師資隊伍職稱結構現已形成梯隊，70%的教師達到碩士以上學歷。目前主要承擔了學校思想政治理論課、與醫相關的人文課程以及其他社會科學課程的教學工作。現向全校開設了近50門課程，涵蓋本（專）科生、碩士研究生和博士研究生，并設有醫學倫理學碩士點。近年來，社科部還開設了公共事業管理（衛生事業管理方向）專業，（屬四年制本科，學生畢業獲管理學學士學位），經教委批準已于2005年秋招生。
社會科學部教師除認真完成各項教學任務外，還積極參與對全校師生員工進行黨的路線、方針、政策的宣講任務，舉辦各類講座，指導大學生社團活動、組織籌劃學校藝術演出活動等。多年來，社會科學部堅持理論教學改革，配合教學需要每年組織學生進行社會考察，形成了理論教學與社會實踐相結合的特色。