農學專業
農學專業是山東農業大學設置最早的傳統優勢骨干專業之一，是山東省首批品牌專業。本專業以國家重點學科、國家重點實驗室、省部級重點開放實驗室和作物學一級學科博士點、博士后科研流動站為平臺，將農學與與現代生物技術和信息技術緊密結合，培養具有堅實的現代生物學基礎知識，熟悉作物生長發育、遺傳變異和產量品質形成規律，掌握作物育種和良種繁育、農業信息與管理、農業資源開發與利用和作物高產優質與可持續發展的基礎理論、基本知識和基本技能，熟練掌握現代生物技術、作物生產技術、農副產品加工技術和農業標準化與質量認證技術，能夠適應農作物產業化開發、農業經營與管理、教學與科研等工作的應用型、復合型高級專門人才。
植物科學與技術專業
本專業以農學、園藝兩個國家重點學科、多個省部級重點開放實驗室和作物學、園藝學等一級學科博士點、博士后流動站為依托，把植物科學與現代生物技術和信息技術緊密結合，培養具有堅實的生物科學及相關學科基礎理論知識，掌握現代生物技術及植物遺傳改良、農業信息技術及植物生產管理、生態環境及植物產品質量安全、植物保護和植物產品貯藏與加工等基本理論、基本知識和基本技能的應用型、復合型高級科學技術人才。本專業的突出特色是學生專業基礎扎實、知識面寬廣、適應能力強。畢業生適于從事與植物(大田作物、園藝作物和花卉等)科學及生產技術有關的教學與科研、生產與開發、經營與管理等工作。
種子科學與工程專業
本專業依托國家重點學科和國家重點實驗室，是該領域的全國優勢專業，具有從本科到博士完善的學歷培養層次，是一個面向種子產業化的廣口徑專業，涉及農作物、蔬菜、水果種子及種苗生產、加工、經營等方面的知識。通過對生物學、經濟學及專業知識的學習，培養具備種子科學與工程技術等方面的基本理論、基本知識和基本技能，適應市場經濟要求，能在種子科學與工程技術的相關部門或單位從事教學與科研、推廣與開發、經營與管理等工作的應用型、復合型高級專門人才。
中藥資源與開發專業
本專業培養具有中藥學、農學、生物學和化學等基礎理論、基本知識和基本技能，掌握中藥資源調查、中藥經營與管理等知識和技能，能夠在中藥和農業管理部門、中藥生產和經營企業、教育和科研機構、衛生與醫療單位等從事管理、技術推廣、研究開發、生產經營和教學科研等方面工作的應用型、復合型高級專門人才。
植物保護專業
本專業依托植物保護一級學科博士點、博士后科研流動站和植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、森林保護四個碩士點，培養具有堅實的生物學、生態學基礎知識，掌握植物保護、植物檢疫和農藥學理論知識與技能，能從事有關植物保護、環境生物、生物資源保護與利用等方面的教學、科研、技術創新與推廣應用、科技成果轉化等工作，以及煙草生產、森林保護、出入境檢驗檢疫、綠色植保與農產品安全生產檢測等工作的復合型人才。
制藥工程專業(農藥方向)
本專業依托植物保護一級學科博士點、博士后科研流動站和植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、森林保護四個碩士點，培養具有堅實的化學和生物科學基礎知識與基本技能，掌握農藥學和植物保護學的理論知識與技能，能夠從事與制藥工程有關的農藥合成、農藥制劑加工、制劑分析、農藥制劑管理、農藥制劑研發、藥物殘留分析、經營管理及推廣應用等工作的寬口徑、復合型高級工程技術人才。
動植物檢疫專業(植檢方向)
本專業依托植物保護一級學科博士點、博士后科研流動站和植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治、農藥學、森林保護學四個碩士點，培養從事出入境植物檢疫和國內植物檢疫、生物入侵預警與控制、有害生物綜合治理、生物資源保護和可持續利用等工作的高級復合型人才。
煙草專業
本專業培養具有堅實的生物學和經濟學基礎，掌握現代煙草生產科學、煙草市場經濟學和企業管理學等方面的基本理論、基本知識和基本技能;熟悉國際、國內煙草有關政策和法規。畢業后能在煙草及相關部門或單位從事煙草生產技術指導、教學科研、技術開發、煙草企業經營管理、煙草商品貿易等工作的應用型、復合型高級專門人才。
園藝專業
本專業培養具有堅實的生物科學基礎知識，掌握園藝植物生長發育的基本規律和基礎理論，具有栽培管理、育種良繁、儲藏加工及園藝場所規劃設計等基本技能，能在農業、商貿、園林管理等領域和部門從事與園藝科學有關的技術與設計、推廣與開發、經營與管理、教學與科研等工作的高級科學技術人才。畢業生主要面向科研、農業管理、高新技術產業及其他相關部門，從事果樹、蔬菜、花卉、設施園藝科學研究、技術推廣、生產經營等工作。
設施農業科學與工程專業
本專業培養具有堅實的設施農業科學與工程學基本理論、基本知識和基本技能，掌握學科發展的動向和新成就，能從事與設施農業有關的技術推廣與開發、工程設計與建造、經營與管理、教學與科研等工作的應用型復合型高級專門人才。畢業生能在科學研究機構、高等院校、企事業單位及行政部門從事設施農業的生產技術、工程設計、管理、教學和科研方面工作
食品科學與工程專業
本專業培養適應我國工業化、城鎮化和國民經濟建設需要，具備食品科學、食品加工與貯運保鮮基本原理和技能;掌握食品工程、食品包裝、食品分析和衛生檢驗以及食品企業經營管理理論與技術;從事園產品加工、糧油加工、畜產品加工、果品蔬菜冷凍冷藏、食品分析與檢測、食品企業管理的高級復合型人才。
食品質量與安全專業
本專業培養適應國民經濟建設和人民群眾健康需要，具備食品科學、食品檢測和分析、食品安全與評價、環境科學、動植物生產基本理論和技能;熟知國際食品質量安全標準體系，具有在企業、教學、科研和公共管理等部門從事食品分析檢測、安全評價、質量管理和科學研究等方面專業工作能力和素質;從事食品質量與安全的檢測、評價、控制、監督、執法、管理的高級復合型技術人才。
葡萄與葡萄酒工程專業
本專業培養適應我國工業化、城鎮化和國民經濟建設需要，具備葡萄栽培管理、葡萄酒及各類酒釀造、葡萄酒及各類酒廠工藝設計管理理論與技術，從事葡萄酒生產、營銷貿易、文化推廣、新產品開發、機械工程設計和酒類企業管理等工作的高級復合型人才。