學校學位與研究生教育始于1941年，是國務院學位委員會批準的國家首批有碩士學位授予權、第二批有博士學位授予權的研究生培養單位。學校現有7個國家級重點學科，2個國家重點培育學科，25個省部級重點學科，16個博士學位授權點一級學科，28個碩士學位授權點一級學科，覆蓋了農學、理學、工學、經濟學、管理學、法學、教育學、歷史學、文學、哲學、醫學等11個學科門類。此外，還有工程、農業推廣、獸醫等11個碩士專業學位和高校教師、中職教師在職攻讀碩士學位授權點，初步形成了多渠道、多規格、多層次的研究生培養模式。學校現有兩院院士2人，雙聘院士11人，長江學者獎勵計劃特聘教授1人、講座教授3 人，國家杰出青年基金獲得者5人，國家百千萬人才工程入選者12人，教育部跨世紀優秀人才2人，新世紀優秀人才支持計劃入選者71人。博士生導師370人，碩士生導師979人。73年來，培養研究生19341人，畢業生遍布海內外。獲全國優秀博士學位論文6篇，全國優秀博士學位論文提名獎7項，陜西省優秀博士學位論文43篇。現有各類在校研究生8962人，其中博士生1799人。
2003年8月教育部批準我校試辦研究生院，經過幾年的建設和發展，2007年6月教育部正式批準我校建立研究生院。校長孫其信教授兼任研究生院院長。研究生院現設有院辦公室、研究生招生處、研究生培養處、學位管理處等四個副處級單位，承擔著全校研究生招生、培養、學位授予與管理等工作。
在建設產學研緊密結合、世界一流農業大學戰略目標過程中，學校始終以加強學科建設為龍頭，以提高研究生培養質量為根本，以培養創新性高素質人才為目標，深入推進招生選拔機制、導師責權機制、投入與資助機制、分流與淘汰機制、培養模式、質量保障體系、研究生教育國際化等創新性改革。
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